Windows 서버상에 저만의 응용프로그램이나 데스크톱 앱을 설치할 수 있나요?

네. 전체 Administrator(관리자) 권한을 지원하므로 보유하신 유효 라이선스에 합당한 Windows 지원 프로그램이라면 무엇이든 제한 없이 설치할 수 있습니다.